525건 경정청구 인용했지만 구법 적용 사건
2024년 말 ‘제재로서’ 문구 삭제돼 현행법 해석은 남아
감사원이 장애인고용부담금을 법인세법상 손금에 산입할 수 있다고 판단하면서 기업들의 법인세 환급 가능성이 다시 주목받고 있다. 다만 이번 결정이 2025년 이후에도 같은 기준이 적용된다는 의미는 아니어서 주의가 필요하다.
감사원은 2026년 상반기 심사청구 주요 결정례를 공개하면서 장애인고용부담금 관련 경정청구 525건을 인용했다고 밝혔다. 청구인들은 장애인고용부담금을 손금에 산입해 법인세와 농어촌특별세를 환급해 달라고 요구했으나 과세관청은 이를 거부했다.
과세관청은 장애인고용부담금이 장애인 의무고용을 이행하지 않은 데 따른 징벌적 성격을 가진 만큼 법인세법상 ‘의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다고 봤다. 따라서 손금에 산입할 수 없다는 입장이었다.
감사원의 판단은 달랐다. 장애인고용부담금은 재정수입 확보보다 장애인 고용 촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 특별부담금’의 성격이 강하고, 법인세법령의 개정 연혁에서도 손금산입 대상으로 인정돼 왔다는 점을 근거로 경정청구를 거부한 처분이 위법하다고 판단했다.
하지만 이번 결정을 장애인고용부담금의 손금산입 문제가 완전히 정리된 것으로 해석하기는 어렵다. 핵심은 감사원이 판단한 사건에 적용되는 법률과 현재 시행되는 법률 사이에 차이가 있다는 점이다.
2024년 12월 31일 개정된 법인세법 제21조 제5호는 2025년 1월 1일부터 시행됐다. 개정 전 조항은 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정했지만, 개정 이후에는 ‘의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금’으로 문언이 바뀌었다.
‘제재로서’라는 표현이 삭제된 것이 중요한 이유다. 기존 법에서는 장애인고용부담금이 처벌이나 제재에 해당하는지를 판단하는 것이 핵심이었다. 대법원도 지난 3월 이 기준에 따라 장애인고용부담금은 제재로서 부과되는 공과금이 아니라고 판단했다.
대법원 판결과 이번 감사원 결정이 손금산입을 인정한 것은 모두 이 같은 구 법인세법을 전제로 한 판단이다. 따라서 두 결정이 2025년 이후 개정된 법인세법에 따라 장애인고용부담금의 손금산입을 인정한 것으로 보기는 어렵다.
특히 이번 감사원 결정은 525건을 하나의 법적 기준으로 인용했다는 점에서 기업들의 과거 법인세 경정청구에는 상당한 영향을 줄 것으로 보인다. 감사원은 이번 결정에서 장애인고용부담금의 정책적 성격과 과거 법인세법령의 개정 과정까지 고려해 손금산입을 인정했다.
반면 2025년 이후 사업연도에 대해서는 상황이 달라진다. 현행 법인세법은 과거처럼 ‘제재로서 부과되는 공과금’인지 여부가 아니라, 법령상 의무 불이행이나 금지·제한 위반을 ‘이유로’ 부과되는 공과금인지 여부를 손금불산입의 기준으로 삼고 있다.
결국 이번 감사원 결정으로 과거 사업연도에 대한 장애인고용부담금 손금산입 논란은 대법원 판결에 이어 다시 한번 기업 측 손을 들어주는 방향으로 정리되고 있다. 그러나 2025년부터 적용되는 개정 법인세법에 대해서는 동일한 결론이 확정됐다고 볼 수 없다.
이번 감사원 결정이 주목받는 만큼 앞으로 필요한 것은 과거 부담금의 환급 여부만이 아니다. 장애인고용부담금의 정책적 성격을 인정하면서도 법률 문언을 변경한 2025년 개정법을 어떻게 해석할 것인지, 그리고 개정 이후 부담금의 손금산입 여부를 과세당국과 법원이 어떻게 판단할 것인지가 새로운 쟁점으로 남아 있다.
